La larga andadura de la Facultad de Teología SEUT (Seminario Evangélico Unido de Teología) se remonta en sus orígenes al año 1884. Con el apoyo del Comité Escocés, es establecido por la Iglesia Evangélica Española (enlace: http://www.iee-es.org), como el Instituto Evangélico de Teología en el Puerto de Santa María (Cádiz). Se trata de un centro de formación teológica de los pastores de esta iglesia y también de la Iglesia Española Reformada Episcopal (enlace: http://www.anglicanos.org) Esta vinculación eclesial explica la vocación ecuménica y apertura de SEUT a las distintas tradiciones teológicas y eclesiales.
En 1919 se traslada a Madrid, tomando el nombre de Seminario Evangélico Unido de Teología, donde permaneció hasta la Guerra Civil Española (1936-1939), contando en esta etapa con profesores de la talla de Jorge y Teodoro Fliedner, Juan Bautista Cabrera, Carlos, Elías y Adolfo Araujo, y Manuel Gutiérrez Marín, entre otros.
En 1947 abre sus puertas de nuevo, pasando de la Iglesia de El Salvador, en la calle Noviciado, al colegio El Porvenir.
En el año 1958 queda clausurado por orden gubernativa, trasladándose ese mismo año a Barcelona con el nombre de Centro Evangélico de Formación Teológica. Las clases del primer año se cursaron en el Seminario Bautista, continuando después en la Iglesia de San Pablo y en la casa particular de su director, Manuel Gutiérrez Marín.
Apartir de los años 60, ejerce su misión educativa al servicio de una amplia gama de iglesias y denominaciones evangélicas. En 1965 se traslada de nuevo a Madrid, instalándose en el edificio de la Iglesia de Jesús (calle Calatrava) y recuperando el nombre de Seminario Evangélico Unido de Teología. Pasó posteriormente a la Iglesia Catedral de la Iglesia Española Reformada Episcopal (calle Beneficencia).
En los años 90, SEUT adoptó también la modalidad de enseñanza a distancia, que fue la base de la actual modalidad online. Fue clave en esta orientación el acuerdo suscrito en 1997 (que concluyó en 2005) con el prestigioso Open Theological College (hoy parte de la University of Gloucestershire, Reino Unido) (enlace: (http://www.glos.ac.uk/) que permitió a SEUT traducir y adaptar sus programas y materiales, y sirvieron de base para el programa de SEUT. El año 2000, la Iglesia Evangélica Española decide integrar SEUT en la Fundación Federico Fliedner (enlace: https://www.fliedner.es/es/inicio), también vinculada a dicha iglesia. Ello ha dotado a SEUT de un apoyo humano, profesional y financiero inasequible a sus propios medios. Además, ha renovado su vocación docente integrándola en una realidad educativa y diacónica mucho mayor, como la representada por dicha fundación.
En el año 2002, SEUT se mudó a El Escorial, donde ha estado ubicada hasta 2016. Durante ese período se estableció un programa residencial que dio lugar a una magnífica experiencia comunitaria de estudiantes y profesores. En 2011 SEUT obtuvo el reconocimiento oficial de Grado en Teología y pasó a denominarse Facultad de Teología SEUT.
En 2016, se traslada al centro de Madrid, en la sede actual de la Fundación Federico Fliedner, del colegio El Porvenir y de la Librería Calatrava. Con este traslado se pretende estar más cerca del público al que SEUT sirve y también integrar más su labor en la vida de los distintos centros de la Fundación Fliedner. Asimismo, SEUT recibirá un apoyo más directo de algunos de los departamentos de esta fundación (Nuevas Tecnologías, Comunicación, etc.)